Ústav zakládání a pěstění lesů se věnuje ve vědecko-výzkumné oblasti následujícím oborům: genetika a šlechtění lesních dřevin, semenářství, zakládání lesních porostů a dřevinné vegetace a pěstění lesa. Tyto obory jsou rozvíjeny ve specifických oblastech výzkumu, kde je zvláštní pozornost věnována plodnosti a kvalitě semenného materiálu domácích druhů dřevin, vlivu stromových výstavků na odrůstání semenáčků, provenienčním pokusům, studiu deformací kořenového systému sazenic ve vazbě na způsob pěstování v lesní školce a na způsob výsadby, optimalizaci umělé obnovy, stabilizaci lesních ekosystémů vyváženým poměrem přirozené a umělé obnovy lesa (i ve vazbě na lesnickou politiku), dynamice přirozené obnovy v porostních mezerách ve vazbě na ekologické podmínky, vlivu probírkových zásahů na produkci a sekvestraci uhlíku, produkčnímu potenciálu a pěstebním postupům při zavádění introdukovaných dřevin v ČR (douglaska tisolistá, borovice vejmutovka aj.), nízkému a střednímu lesu jako biologické a produkční alternativě budoucnosti, studiu smíšených porostů, vodní bilancí lesních ekosystémů a řízení vodní komponenty v krajině apod.

Ve spojení výuka - věda – aplikace je realizován na území Školního lesního podniku ML Křtiny koncept různých typů hospodářství, a to: i) les věkových tříd, ii) nízký a střední les, a iii) přírodě blízké postupy hospodaření.

Prováděný výzkum má přímou vazbu na ekonomiku lesního hospodářství a lesnickou politiku v podobě legislativních úprav. Má vliv nejen na vlastníky lesa ale i na širokou veřejnost- návštěvníky lesa. Výsledky výzkumu jsou pro veřejnost prezentovány při pořádání různých seminářů a přednášek (např. BVV – SilvaRegina), v průběhu dnů otevřených dveří nebo dnů vědy na LDF MENDELU v Brně, formou informačních cedulí, letáků a v neposlední řadě formou článků a publikací v odborných časopisech, ale i denním tisku. 

Výzkum je směřován k multioborovému propojení a aplikaci metod z oborů pomáhajících pochopit strukturu a funkci lesa ve vazbě na měnící se podmínky prostředí a potřeby společnosti. Snahou je využít maximálně nově vyvíjených přístrojů, vědeckých přístupů a metod například z rostlinné ekofyziologie či dálkového průzkumu země. Směřujeme k využití dat dlouhodobých experimentů v modelové analýze a predikci budoucího chování lesních ekosystémů. S rozvíjejícím se přístrojovým vybavením, spoluprací se ŠLP a školkařským provozem se plánujeme věnovat například pěstování speciálního sadebního materiálu adaptovaného na různé stresové zátěže řadou faktorů. Hodláme prosazovat přírodě-blízké postupy hospodaření ve vazbě na globální změnu klimatu a ekonomiku lesního hospodářství.